磺化Cy5.5是一种发近红外(NIR)荧光的花青素类荧光染料。磺化Cy5.5是磺化修饰过的Cy5.5，水溶性好。磺化Cy5.5的消光系数高，荧光也很亮，并且对pH不敏感，并且由于它的荧光波长（Em：706nm）恰好处于肌体组织近红外窗口I的区域（肌体的血液，体液和组织此区域背景荧光弱，而长波长穿透性强），所以磺化Cy5.5常应用于小动物活体体内成像中。磺化Cy5.5可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子等。由于强水溶性加带电荷，磺化花青素标记的生物分子更稳定，不易产生疏水性聚集。
马来酰亚胺(maleimide)是生物标记反应中常用的基团，它可以和巯基(-SH)通过亲和加成反应生成稳定的巯醚(thioester)结构从而实现标记。尽管胺基(比如赖氨酸精氨酸侧链)也有亲和性，但在中性或微酸性缓冲液中，马来酰亚胺选择性标记巯基(反应速度比胺基快>1000倍)。标记反应反应迅速，选择性高，产率好，另外，巯基是一种在生物分子中广泛存在的官能团，比如蛋白中的半胱氨酸和双硫键等，因此马来酰亚胺/巯基(maleimide/thiol)标记已成为仅次于NHS/胺基标记的最常用生物连接反应。
磺化Cy5.5-马来酰亚胺的水溶性非常好，所以可以在水相的标记反应体系中直接使用，不需要有机溶剂助溶，特别适合标记对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy5水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性聚集，提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy5.5-马来酰亚胺也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。如需脂溶性Cy5染料，可选择普通花青素，即Cy5-马来酰亚胺)。
磺化Cy5.5-马来酰亚胺标记后的产物Ex/Em是678/706nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Alexa Fluor 680，DyLight 680等。
| CAS号 | 2183440-58-4或2183440-57-3 (inner salt) |
| 分子式 | C46H45K3N4O15S4 |
| 分子量 | 1139.42 |
| 结构式 |  |
| 光谱特性 | Ex/Em＝678/706nm (PBS缓冲液) |
| 消光系数 | 211000L·mol-1·cm-1 |
| 量子产率 | 0.21 |
| 外观 | 深蓝色固体 |
| 溶解性 | 可溶于甲醇，DMF等有机溶剂，极易溶于水 |
| 保存条件 | 避光，干燥，-20℃保存 |
- 天然生物分子中巯基一般于氧化状态(如双硫键)存在，在马来酰亚胺标记前，务必用还原剂(如DTT，TCEP)活化巯基并除去多余还原剂。
- 马来酰亚胺也可以和叠氮化合物反应，应避免叠氮官能团。
- 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊。
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